在天气变化，如大风或下雨等时，水体会发生垂直流转，把底层高有机质的水交换起来，引起蓝藻大量繁殖。导致大部分养殖水体，在天气变化后会爆发蓝藻。同时，池塘注入富含N、P的水（如生活污水等），使水体富营养化，而爆发蓝藻。
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蓝藻产生的原因
受其它藻种的生长制约，蓝藻并不可能在常温条件下大规模暴发，水温25—35℃时，蓝藻的生长速度才会比其他藻类快，故温度是蓝藻暴发的主要因素之一。养殖水体中富营养化，蓝藻比较容易生长，所以不经常换水的池塘往往更容易暴发蓝藻。有机磷是蓝藻生长的必须因素，治理蓝藻最直接最根本的办法就是除去有机磷。
蓝藻的形成与危害
蓝藻（水华）大量出现时，水体一般呈蓝色或绿色，水面被厚厚的蓝绿色湖靛所覆盖，被风吹到岸边堆积，不但会发出恶臭味，且含毒素的蓝藻细胞在水体中漂游，当与某些悬浮物络合沉淀，或被养殖对象捕食后随其排泄物沉淀，在鱼池池底富集，对无公害水产品生产会带来巨大的负面影响。蓝藻中的项圈藻可快速产生致死因子，破坏养殖对象的鳃组织，干扰其新陈代谢的正常进行，麻痹神经，使其死亡。蓝藻中个别种不但活体带毒，而且死亡个体分解会产生生物毒素——蓝藻素。蓝藻素量多时可直接造成养殖对象中毒死亡；或者即使数量少，也可通过食物链积累效应危害养殖对象，直至危害人体。
蓝藻暴发的处理
首先，全池泼洒沸石粉10公斤一亩，使之絮凝蓝藻；第二，间隔3—4小时后全池泼洒水产em菌液，用量为2千克一亩。注意使用微生物制剂过程中必须防止蟹池缺氧，天气闷热时不应使用，而使用时则应开动增氧机；第三，平衡氮磷比例，通过泼洒无机磷改变氮磷的比例，加快培育绿藻和硅藻等有益藻类快速生长成为优势藻种来抑制蓝藻生长，从而改善蓝藻过度繁殖的状况。
蓝藻治理贵在预防
最有效的肯定是做好预防，不让蓝藻爆发。具体预防措施主要有以下几点：1.早期鱼塘中投放适量的滤食性鱼类如花白鲢可以破坏蓝藻，一定程度上可以预防蓝藻爆发。2.定期喷含有枯草芽孢杆菌的水产EM菌。欣圣源水产EM菌包含枯草芽孢杆菌、光合细菌等可以分解水体中的有机质，减轻水体的富营养化，还能调节水体pH值、调节水质。3.定期补肥补菌。配合枯草芽孢杆菌的喷施，还要定期补肥，促进优质藻类繁殖，抑制蓝藻爆发。4.在水产养殖的第二个月开始，要注意加强底质改良，调节水质。蓝藻易发时期，定期进行水质检测，监控水体中藻类含量。
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