A 酸水解法和碱水解法生产成本低，工艺相对简单，采用盐酸或硫酸进行水解处理，生产出的氨基酸中氯离子含量高。而且：
1.酸解时羟基氨基酸（丝氨酸、苏氨酸）部分被分解；
2.碱解时精氨酸会脱氨损失，这些氨基酸对植物有特定 的生长调节作用；
3.色氨酸完全被沸酸所破坏，色氨酸是植物生长素合成 前体，损失会影响植物生长素含量；
4.核苷酸含量低，多数被破坏。
B酶解法和微生物发酵法相对氨基酸种类保留比较全面，寡肽含量较高，有害物质少，这两种生产方法在农业中应用无疑是最适合的，尤其是酶解法，一些先进的技术可以根据分子量需求进行定向剪切，得到需要的分子量区间，如寡肽的分子量在1000道尔顿以下，更利于作物吸收利用。
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