马有繁殖性能，耐粗饲，抗病力强，有较广泛的适应能力。 公、母马3周岁时开始配种。小群配种时，用3~5岁公马，公、母比例为1:10~20，6~6.5岁公马，公、母比例为1:25~35；个别公马至20岁，尚能保持良好的配种能力。在群牧条件下，对母马进行人工授精，受胎率80%左右，母马终生产驹10～l2匹。母马发情周期为17~21天，妊娠期323~337天。
伊犁马平均体高144～148厘米，体重400～450千克。它体格高大，结构匀称，头部小巧 伊犁马而伶俐，眼大眸明，头颈高昂，四肢强健。当它颈项高举时，有悍威，加之毛色光泽漂亮，外貌更为俊美秀丽。毛色以骝毛、粟毛及黑毛为主，四肢和额部常有被称作“白章”的白色斑块。伊犁马有兼用体型，体格高大，结构匀称紧凑。头秀美、高昂干燥，面部血管明显；眼大有神，额广、鼻直，鼻孔大，有悍威。颈长适中，肌肉充实，颈础高，颈肩结合良好。耆甲中等高长，发育丰满。背腰平直，腰稍长，尻宽长中等，稍斜。胸深，肋骨开张好，胸廓发达，腹形正常。肩胛长斜，四肢干燥，筋腱明显，关节清晰，肢势端正。系中等长，蹄质结实，运步轻快。鬃、鬣、尾、距毛中等或稍长。有少部分马颈部肌肉欠丰满，前胸发育较差，四肢发育不足，有待今后在育种工作中改进。毛色以骝色为主之，栗色和黑色次之，青色和其他毛色少见，