菌落总数是指示性微生物指标，并非致病菌指标，主要用来评价食品清洁度，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。菌落总数超标可能是个别企业所使用的原辅料初始菌数较高，未按要求严格控制生产加工过程的卫生条件，或者包装容器清洗消毒不到位；还可能与产品包装密封不严、储运条件控制不当等有关。
去年8月，斐素果汁创始人张蔚婷曾在接受媒体采访时表示，斐素果汁产品目前由位于无锡的代工厂生产，直接由冷链车运往上海、北京、深圳的城市大仓，再配送至门店，主要由第三方物流负责。也就是说，此次涉事斐素果汁生产厂家为江苏省无锡市橙亿食品有限公司，是斐素果汁的代工生产方。