船旗是指商船在航行中只为标明国籍，悬挂其所属国的国旗，一般悬挂在船尾部。船旗是船舶国籍的标志。简单的理解就是船舶悬挂某一国家的国旗即具有该国国籍，这个国家即该船的船旗国。
船舶在公海或其他国海上航行要服从国际法和船旗国的法律。按国际法规定，商船无论在公海或在他国海域航行，均需悬挂船籍国国旗。船舶有义务遵守船籍国法律的规定并享受船籍国法律的保护。依据各国法律对船舶登记条件的不同规定，目前船舶登记制度可以分为开放式、半开放式和封闭式三种。
《联合国海洋法公约》规定：
每个国家，不论是沿海国或内陆国，均有权在公海上行驶悬挂其旗帜的船舶。
每个国家应确定对船舶给予国籍、船舶在其领土内登记及船舶悬挂该国旗帜的条件。船舶有权悬挂其所属国籍国家的旗帜。国家和船舶之间必须有真正联系。
每个国家应向其给予悬挂该国旗帜权利的船舶颁发给予该权利的文件。
在公海上行驶的船舶，必须而且只允许悬挂一个国家的国旗，而且除国际条约或联合国海洋法公约明文规定的例外情形外，在公海上应受该国的专属管辖。除所有权确实转移或变更登记的情形外，船舶在航程中或在停泊港内不得更换其旗帜。
特别补充：一般地，船舶都拥有自己的"国籍"，但也有些地方，海运业很发达，却不是独立的国家，比如中国台湾。在台湾注册登记的商船至今仍然悬挂着"青天白日满地红"旗。
一艘商船必须且只能悬挂登记国(地区)旗帜才能航行，但也有例外，比如我国的香港和澳门。根据《中华人民共和国香港特别行政区基本法》和《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》的规定，在香港和澳门注册登记的商船需悬同时挂五星红旗和香港/澳门特别行政区区旗。
目前国际上有很多船舶开放登记的国家，由此产生了很多的船舶挂的船旗是方便船旗，方便船旗，是指船舶所有者为逃避其本国的高额税收或其他原因，通过在费用和税收较低、登记非常方便的所谓"开放登记国家"登记注册，取得该国国籍并悬挂该国旗帆的船舶。这种开放登记国家的旗帜在航运界通常被称为"方便旗"。方便旗船的所谓"方便"，对于船舶所有者而言，悬挂方便旗可逃避其本国的高额税收和其他制约;对于授出方便旗的国家，可通过允许和鼓励外国的船舶去本国廉价注册以及课税较低的手段，以从中获取大量的收入。方便旗船的存在使世界上约三分之一的船舶实际上处于缺乏船旗国有效管辖和控制的状态。