知识产权技术性不强
部分企业是纯粹为了申报高企而报专利，全部是实用新型，报的专利技术性不强。企业营业总收入中，贸易产品的收入占比较大。
科技成果
- 科技成果描述过于单一，与产品相关性不强
新的工作指引对科技成果转化形式进行了多样化，丰富了企业将研发的技术成果进行产业化的方式，并要求年平均转化5项以上，高新申报还需要将企业的科技成果进行描述，要描述出技术成果是什么，怎么转化的，应用在哪个产品中，应用的效果如何，是否产生收益。
高新技术产品
- 在申报过程中对产品描述不清，技术性不强，佐证材料五花八门的情况
在企业认定过程中还存在着企业产品型号众多，有的可能几百个型号，这就对企业自己归集高新收入时产生了困难，非标产品如何提供佐证材料也让企业头疼，这就造成了在申报过程中对产品描述不清，技术性不强，佐证材料五花八门的情况。
财务核算
- 未设置研发支出辅助账，企业审计报表与纳税申报表不一致
2017年申报过程中，30%以上的企业年都未在账内进行研发项目经费核算，2016年通过调调整出符合要求的研发费用，而税务检查中，税务部门要求企业按照财税号文按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理。
同时在研发项目立项时应设置研发支出辅助账，在实地考察中充分执行了这个政策，部分企业被要求提供明细辅助账。
另外税务重点关注的是企业审计报表与纳税申报表是否一致，如不一致，要做出合理解释，未来的高企要以税务数据为基础。
企业人员资质
- 企业人员资质较弱
2017年开始，对企业人员要求做了较大的调整，去除了大专以上学历要求，科技人员也由30%降为了10%。