浸泡过程中EM菌渗透到饲料中，对饲料进行初步消化，增加饲料营养价值，连同饲料一起进入蛇肠道后促进肠道微生态平衡，同肠道中特殊受体结合后增强蛇免疫力。
EM菌在蛇养殖中主要涉及活体饲料清洗消毒、常规料浸泡、饲养场地环境净化以及发酵床制作等。通过EM菌处理，可有效减少蛇取食过程中病原微生物的摄入量，降低蛇发病几率，同时能够显著降低养殖场地粪臭味以及由此引起的蛇急性肺炎发病率。其具体使用方法如下：
1、饲料处理
(1)饲喂活体动物(青蛙、泥鳅、小鱼)时，可将这些小动物放在EM菌激活液500倍稀释液中适当饥饿1天，排空肠道中食物残渣及部分粪便，为蛇提供清洁卫生的活体饲料。
(2)饲喂鸡块、鸡肠和人工固体饲料时，应特别注意饲料的消毒。将鸡块、鸡肠和人工固体饲料在EM菌激活液20倍稀释液中浸泡24小时，有效抑制、灭杀饲料在加工和运输过程中携带的杂菌。浸泡过程中EM菌渗透到饲料中，对饲料进行初步消化，增加饲料营养价值，连同饲料一起进入蛇肠道后促进肠道微生态平衡，同肠道中特殊受体结合后增强蛇免疫力。
2、饮水：
EM菌激活液300倍稀释液可作为蛇饮用水，直接增加肠道内有益微生物的数量，利于食物的转化吸收。部分蛇可进入水槽中游泳EM菌会粘附在蛇体表面，形成有益微生物保护层，降低皮肤病害发病几率。EM菌饮用水添加量不宜过多，为保证有效性，可根据蛇取食习性适当跟换饮用水，提供新鲜的EM菌饮用水。
3、圈舍消毒：
圈舍消毒时,采用EM菌激活液50倍稀释液进行场地喷雾处理,重点喷洒蛇经常活动场所以及养殖区间。喷洒量不宜过多，稍微润湿即可，不可直接喷洒蛇体，更不能用喷洒过农药未清洗干净的喷雾器进行喷洒。喷洒次数可根据养殖场地环境条件而定，臭味浓时应该加大用菌量，通过光合细菌好氧发酵迅速转化硫化氢、氨气等臭味气体，提高养殖环境空气质量，降低蛇肺炎的发生。