1、知识产权
要质还是要量：认定办法中对知识产权采取了量化的方式，虽然进行了分类评价，但依然没有考虑到不同行业、不同规模的企业在获得知识产权类型及时间节点的问题。
同时单纯的量化指标也催生了大量的垃圾专利，违背了科技创新的初衷，造成了公众资源的浪费，企业无故的付出，催生了一批以编造知识产权为生的公司。
时效性：企业的研发过程是一个相对系统的活动，只有研发活动的存在才会有知识产权的产生，企业有规范的研发项目管理是前提，知识产权的获得一般不早于研发项目立项初始时间。
权利人共有：企业研究开发的过程通常不能自己独立完成，多数情形是通过委托开发、合作开发或集中开发形成研发项目主体，那这种形式获得的知识产权在评价时不应降低分值。
获得方式：在获得方式上无论是自主研发、受让、受赠还是并购，都是获得知识产权的重要路径。
通过市场交易进行对价有利于企业重视高价值专利的培育，减少垃圾专利的产生，需要额外关注的是价值较低或关联度较差的知识产权的转移。
2、科技人员
人员占比：科技人员占企业职工总数比例，是判断企业是否为技术密集型的重要标准。
高学历科技人员的构成，则是判定知识产权密集型企业的一个重要指标，研究开发过程中最重要的投入就是智力投入。
3、研发费用
研发费用投入强度：在没有可期的经济效益或社会效益情况下，一般企业倾向于减少研发费用的发生，利用较低的研发成本获得较高收益。
研发投入产出的周期性：研究开发是一个验证可行性的科学行为，面临较大的风险和不确定性，新产品的诞生初期以研究开发投入为主，当期并不会产生较大的收益，不同行业有不同的行业周期，一般在半年到五年之间不等。
研发费用构成：开发阶段主要涉及到材料投入、仪器设备无形资产摊销、检验检测调试费，以及直接相关的辅助费用。
委托开发费用：为了鼓励企业开展多种形式的技术交流活动，应考虑取消“委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额”内容。
4、科技成果转化评价
科技成果与专利、软著等知识产权不能混同，一项科技成果可能是多项知识产权加以保护，工作指引中并未对此详细阐述，导致技术专家在评价时不能准确判定。
另外企业的核心在于获得收益，而不能照搬《促进科技成果转化法》中有关条款，应结合企业实际，根据不同行业属性和不同规模进行分类评价。
5、财务指标评价
财务性指标占有评分标准中20分，有的企业为了财务指标好看而出现了部分造假情况，由此我们应该反思此项评价是否合理。
企业的发展具有一定的波动性，同时受制于市场经济发展，较高的研发投入与财务较高增长性是负相关关系，所以财务指标简单的量化是无法判定一个企业的技术含量的。
6、认定时效
根据工作指引，自认定年度起企业可以享受税收优惠政策，但企业在申请时重点考核的是认定前三年的指标，这样就产生了一个时效性衔接的问题。
按常理讲符合条件的年度内应该享受优惠政策，现行政策中反而是认定前三年符合要求，而享受反而是认定后三年内，那么就造成了企业要在六年的期间内符合政策要求但实际能享受的期限限定在了三年。