由于生态袋兼具护坡与绿化的双重功效，所以在填充时要视实际情况具体操作。
当生态袋铺设于常水位下主要用来护坡时，生态袋内填充料采用比例为3:1的砂质土和碎石。其主要的作用，是建立稳固的生态袋边坡基础。当生态袋位于常水位之上主要作用是绿化，生态袋内填充料选用比例为的种植土、细沙、泥炭土、蘑菇肥。其中，种植土可以现场取土，需清除建筑垃圾碎片、植物根系、树枝等杂物，还必须不含钙氯化物、石油产品等有害物质。填充时要把填充物填充至距袋口约10cm处，在装填过程中要人工墩实，底角应填充饱满，袋体与填充物之间切勿有空隙，以保证后期的绿化效果。
生态袋袋口的封装有两种方法，即手提式缝包机封口和单向自锁尼龙扎口带封口。手提式缝包机封口，不仅封口后的袋体简约美观，还可以有效的节约生态袋的用量。单向自锁式尼龙扎口带封口，不受工地条件的限制，可随时随地使用，方便快捷。在选用扎口带时，要挑选具有抗紫外线功能的产品，以保证生态边坡的使用寿命。