在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏杀菌其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部消灭。但经巴氏杀菌后，仍保存小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，因此巴氏杀菌牛奶要在4℃左右的温度下保存，且只能保存3-10天，极限16天。
目前国际上通用的巴氏杀菌法主要有两种：一种是将牛奶加热到62-65℃，保持30分钟。这种方法目前在广东较少使用。采用这一方法，可消灭牛奶中各种生长型致病菌，杀菌效率可达97.3%-99.9%，经杀菌后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌占多数的是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。第二种方法将牛奶加热到75-90℃，保温15-16秒，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌的基本原则是，能将病原菌消灭即可，温度太高反而会有较多的营养损失。注意，巴氏杀菌法并不能消灭结核杆菌。
设备特点
1. 物料和加热介质均在各自的密封系统中通过非接触性热交换实现加热，确保物料卫生安全。
2. 杀菌时间短，可确保物料的营养成份不被破坏。
3. 整机全部采用食品级不锈钢材料，确保达到国家对饮料食品设备安全卫生指标要求。
4. 传热效果好，热回收率高，耗能少。
5. 主要控制元件、阀件及配套件均选用进口件，使用寿命长。
6. 采用PLC控制，可对物料各段的加热温度、热水温度、蒸汽流量调节等实行自动控制，并设有物料自动回流系统，确保物料100%达到杀菌效果。