1．系统边界交叉：国内物流的边界是从国内的任意地点到口岸（装运港），国际物流的边界为从一国的装运港（港口、机场、场站）到另一国的目的港。保税物流在地理上是在一国的境内（领土），从移动的范围来看应属于国内物流，但保税物流也具有明显的国际物流的特点，例如保税区、保税及都是“”的性质，所以可以认为保税物流是国际物流与国内物流的接力区。
2．物流要素扩大化：物流的要素一般包括运输、、信息服务、配送等，而保税物流除了具有这些基本物流要素之外，还包括了海关监管、口岸、保税、报关、等关键要素，两者紧密结合构成完整的保税物流体系。
3．线性管理：的基本程序包括申报、查验、征税、放行，是“点式”的管理；而是从入境、储存或加工到复运出口的全过程，货物入关是起点，核销结案是终点，是“线性”的管理过程。
4．瓶颈性：在海关的监管下进行物流运作是保税物流不同于其它物流的本质所在。海关为了达到监管的效力，严格的流程、复杂的手续、较高的抽查率必不可少，但这与现代物流便捷、高效率、低成本的运作要求相背，物流效率与海关监管效力之间存在“二律背反”，在保税需求日益增长的情况下，海关的监管效率成为保税物流系统效率的“瓶颈”。
5．平台性：保税物流是的供应物流的未端，是销售物流的始端，甚至包括了生产物流（如VMI）。保税物流的运作效率直接关系到企业正常生产与正常运作，构建通畅、高效率的保税物流系统是海关、政府相关部门、、口岸等高效协作的结果。完善的政策体系、一体化的综合物流服务平台必不可少，例如集成商品流、、信息流的将是保税物流的主要模式之一。
