实验室通风控制系统可根据不同的情况采用不同的控制方式，如单台通风设备定风量通风控制系统、多台通风设备变频通风控制系统、多台通风设备+变风量通风控制系统。
单台通风定风量通风控制系统，操作简捷，系统的开关不影响其他同房的设备，只引用需要的通风设备；防止通风系统的串联及废弃的回流；便于气流的控制；系统运作费用低廉。缺点：系统前期投入费用高；安装复杂，安装空间需求大；长期维修费用昂贵。适用条件：P2实验室、P3实验室、无菌间、放射性实验室、PCR实验室、动物实验室、DNA实验室等。
多台通风设备定风量通风控制，有两种控制方式：定点控制、多点控制。优点：减低材料的运行、减少前期的投资；简化通风系统的安装、减少安装空间的需求；维护费用相对减低；多点控制可达到“以人为本”的实验室理念，便于操作人员根据情况开关所需的设备。缺点：管道运作量大，易有噪声大，风量不易于平衡，引出排风量不足的问题；属于定风量排风，需100%的排风，系统越大，越会浪费大量的能源；排风量无法控制自如并根据实际所需量而排放。在大型通风系统中，如果采用单台独立的定风量排风方式，会导致排风管道太多，管井尺寸不够用或外墙全是管道不美观，一次性投资大；如果采用多台通风设备运用一个定风量通风系统，虽然一次性投资减少了，但是运行不节能，在其中一些通风设备部不适用时，其他通风设备的排风量将加大甚至超出正常排风量，影响实验操作，而且风机运行费用也提高，存在一定的弊病。
为了实验降低一次性投资且节省运行费用的目的，变频通风系统应运而生；在通风管路的主管上加风管压力传感器，另设变频柜，变频柜里安装变频控制器，通过初设一个风管压力值，由变频控制柜对系统风量进行控制；变频调速是一种先进且较成熟的技术，通过整流器、逆变器和控制电路将频率一定的交流电变成直流，再将直流逆变为不同频率的交流，以达到交流异步电机进行调速控制。变频控制，高效、节能、延长风机系统寿命、提高风机运行质量。缺点：变频系统由于是很多台通风设备连接在一起，通风系统对房间的高度和管井的大小都有要求，只有高度足高的房间才使用做变频系统，因变频系统的风管尺寸较大。同一个房间或同时使用的多个房间有很多通风设备，宜采用变频系统，能有效地节约能源。
在大型通风系统中，多台通风设备连在一起，采用变频系统控制时，只能对主风管的风量进行控制，只有感受到主风管的风压产生变化，才对风机作出相应调整，而对通风设备的末端的面风速不能作任何调整；为了解决通风设备末端的变风量要求和面风速恒定的要求， 实现进一步节能，出现了变频+变风量通风控制系统，包括一个风速传感器、红外线探测器、一个变风量控制阀、一个自动控制器面板和操作终端。优点是：高效、更节能、延长风机系统寿命、提高风机运行质量；采用变频调速，直接调节风量，使无用功减少，提高系统工作效率；变风量末端加传感器控制变频器，比单独采用变频系统在主管加压力传感器控制变频器的控制精度要高很多，变频调速后风机一般以30-45Hz运行，节能达50%-70%以上，频率越低，越节能，一般采用变风量控制系统；实现真正变频软启动，减少电机启动对电网的冲击和对电机本身的危害，提高电机的寿命和系统的寿命。缺点：变频系统由于是很多台通风设备连接在一起，通风系统对房间的高度和管井的大小都有要求，只有高度足够的房间才能适用做变频+变风量系统。适用条件：同一个房间或同时使用的多个房间有很多通风设备，宜采用变频+变风量系统，控制效果好，节能量多。
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