车间生产废水首先进入隔油格栅井，在格栅井内经过自动格栅机去除大颗粒药渣后，废水进入调节池，由于食品废水排放水质的波动性较大，为了能更好的调节产生废水的水质和水量，减小由于水质变化而对后续处理工序的冲击，调节池设计停留时间为12小时，经过废水调节池调节水质、水量后，废水由提升泵抽至混凝絮凝池进行预处理，在混凝和絮凝池内通过投加烧碱调节PH值及加入混凝剂，使得水中的污染物与混凝剂发生凝聚和絮凝反应形成大块的絮体并经过沉淀池的固液分离后上清液流入中间停留池，废水在中间停留池停留一段时间后，由二级提升泵增压过砂滤后进入厌氧池，在厌氧池中利用厌氧菌的生物降解作用，有效去除大部分COD，厌氧池出水自流进入缺氧池，在缺氧池内经过反硝化菌的作用，到达去除氨氮的目的，废水经过缺氧池后进入接触氧化池和MBR(膜生物反应器)，在MBR池内由于活性污泥的吸附凝集和氧化分解作用可净化水中的有机污染物，又以有机污染物为营养基，在溶解氧的条件下连续的培养活性污泥，最后经过MBR膜的过滤作用，得到干净的处理出水，出水进入清水池，清水池水质可达标排放。
混凝沉淀一体化处理设备和MBR池内的剩余污泥定期排入污泥浓缩池，经板框压滤机脱水处理后干污泥外运处理。