常用的益生元有低聚糖类，包括低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖、低聚异麦芽糖、大豆低聚糖、菊粉等，有些微藻类也可作为益生元，如螺旋藻、节旋藻等，此外多糖（如云芝多糖, 胡萝含氮多糖）、蛋白质水解物（如酪蛋白的水解物, α-乳清蛋白, 乳铁蛋白等）以及天然植物中的蔬菜、中草药、野生植物等也能作为益生元使用。
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