海关总署对进境中药材实施检疫准入制度，包括产品风险分析、监管体系评估与审查、确定检疫要求、境外生产企业注册登记以及进境检疫等。
2. 境外企业注册登记
海关总署根据风险分析的结果，确定需要实施境外注册登记的药材品种目录，并实施动态调整。海关总署对向中国输出需要实施境外注册登记的药材品种的境外生产企业实施注册登记，注册登记有效期为4年。
3. 检疫审批
进境中药材需办理进境动植物检疫审批的，货主或者其代理人应当在签订贸易合同前，按照《进境动植物检疫审批管理办法》的规定取得《中华人民共和国进境动植物检疫许可证》。
4. 现场监管
单证审核——海关接受企业申报，审核企业提交的资料是否符合法律、行政法规及海关进口货物申报管理规定的要求。
货物检查——海关根据业务系统指令对进境中药材实施口岸检查，主要包括：
（一）查询启运时间和港口、途经国家或者地区、装载清单等，核对单证是否真实有效，单证与货物的名称、数（重）量、输出国家或者地区、唛头、标记、境外生产企业名称、注册登记号等是否相符；
（二）包装是否完好，是否带有动植物性包装、铺垫材料，并符合《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例、进境货物木质包装检疫监督管理办法的规定；
（三）中药材有无腐败变质现象，有无携带有害生物、动物排泄物或者其他动物组织等，有无携带动物尸体、土壤及其他禁止进境物。
5. 实验室检测
现场检疫中发现病虫害、病虫为害症状，或者根据相关工作程序需进行实验室检疫的，海关应当对进境中药材采样，并送实验室。
6. 指定场所存放、加工
中药材在取得检疫合格证明前，应当存放在海关认可的地点，未经海关许可，任何单位和个人不得擅自调离、销售、加工。
7. 检疫结果评定
进境中药材经检疫合格，海关出具“入境货物检验检疫证明”后，方可销售、使用或者在指定企业存放、加工。
8. 检疫不合格处理
检疫不合格的，海关签发检疫处理通知书，由货主或其代理人在海关的监督下，作除害、退回或者销毁处理，经除害处理合格的准予进境。
9. 运输工具检疫处理
装运进境中药材的运输工具和集装箱应当符合安全卫生要求。需要实施防疫消毒处理的，应当在进境口岸海关的监督下实施防疫消毒处理。未经海关许可，不得将进境中药材卸离运输工具、集装箱或者运递。
10. 企业管理
境内货主或者其代理人应当建立中药材进境和销售、加工记录制度，做好相关记录并至少保存2年。同时应当配备中药材防疫安全管理人员，建立中药材防疫管理制度。