肥料登记证就是肥料来说就是肥料认可凭证，是肥料的没有肥料登记证的肥料是黑肥料，是不合法的。那么企业该如何申请办理肥料登记证呢？像哪些相关部门提交资料呢？都有哪些流程呢？
肥料登记流程：
一般包括省（自治区、直辖市）农业行政主管部门企业条件考核→抽样和初审→登记检验机构肥料检验→登记受理机构资料审核→肥料登记评审委员会评审（直接审批的免予评审）→批准→发证等七大基本程序。
国家化肥质量监督检验中心（北京）和微生物肥料质量监督检验测试中心受委托，按肥料品种不同，各自负责对申请肥料登记产品的资料受理和审查、肥料样品检测工作
1、免于登记产品
对经农田长期使用、采用国家或行业标准的产品免予登记，包括铵，尿素氯化铵，碳酸氢铵，磷酸铵（磷酸一铵、二铵磷肥，过磷酸钙，钙镁磷肥钾单一微量元素肥，高浓度复合肥。
2、由省、自治区、直辖市审批登记产品
复混肥、配方肥（不含叶面肥）、精制有机肥、床土调酸剂。这些登记肥料产品只限在登记所在省、自治区、直辖市销售。如要在其他省、自治区、直辖市销售使用，须由生产者、销售者向销售使用的地省级农业行政主管部门或授权、委托登记机构备案。
3、须向申请登记产品
除免于登记和省、自治区、直辖市登记产品外的其余产品。肥料和的混合物、农民自制自用的有机肥料也不在登记范围。