在完成了厂址选择后，下一步需要进行的就是总平面布置。总平面布置主要注意的是以下几点：满足企业总平面设计要求，满足环境保护要求，同时避免交叉污染。设计要求是生产工艺、质量管理和运营管理所必须的要求，也是建造厂房的目的所在。同时也要注意到对周围环境的保护，以及车间与车间，生产线与生产线以及各个房间设备之间的交叉污染风险。厂区应该按照生产、行政、生活、辅助等不同使用功能进行合理分区布局。不同区域的洁净要求不同，同时相互之间应该合理规范，不应该产生污染风险或潜在隐患。洁净区域的人流和物流应该合理规划，人流和物流应该尽可能分开，少穿越甚至是不穿越，避免人流和物流的污染风险。多条生产线、多个车间组合布置的联合厂房，应该合理布置人流和物流走向，同时满足生产工艺要求和消防安全要求。消防方面的要求为强制性要求，应该符合国标的建筑设计防火规范。厂房内主要道路设置应该符合人流、物流分流原则，厂房路面层应采用整体性好、发尘少的材料。
根据药品生产特点布局，原料生产应该位于制剂生产区全年最小频率风向上风侧，三废处理、锅炉房等有较严重污染区域应位于全年最小频率风向上风侧。而工艺位置安排应该遵循污染大的区域尽可能在下风侧，减少对洁净级别要求高的区域造成污染的风险。同理，青霉素等高致敏性药品的生产厂房，应位于其他医药生产厂房全年最小频率风向上风侧。厂区内设有动物房时，动物房**位于其他医药生产厂房全年最小频率风向上风侧。了解了这些要求，我们再来建立规划的工作顺序，在总平面布置过程中，我们主要需要做的工作是，首先，根据功能性和工艺环境的要求，确定出功能区，之后对于将各个功能区域根据工艺洁净要求，按照全年的最小频率风向以及其他相关因素综合考虑、合理规划，确定相互位置，之后进行厂房的人流物流分流规划，在保证消防的前提下做好道路规划。
