生物价值评估方法主要有预期收益资本化法、意愿调查评估法等。
预期收益资本化法的基本考虑是，将生物多样性作为一种无形的自然资产，并根据每年从中获得的收益来推知这种自然资产的价值。
在计算生物提供的收益时，在计算生物资源提供的收益时，先统计生物的种类i、数量n，然后从中选取一些有代表性的种类，假定将其一次性送入市场交易，统计或通过专家组估计其市场价格并计算出这些生物种类的收益。
意愿调查评估法的基本思路是:通过对调查对象的直接调查，来评估他们的支付意愿或受偿意愿。所谓受偿意愿，是指消费者或厂商接受一定数量的货币赔偿以交换一定程度的环境质量恶化的意愿。