连续式瓶装食品微波灭菌设备采用先进的微波电磁场灭菌技术，
其原理是：物体在微波电磁场的作用下，物料整体开始发热温度升高，同时产生湿热蒸汽进行灭菌，其特点是：
1、 加热速度快：用微波对瓶装食品灭菌不象传统加热依靠传导、对流、辐射，热能是从物体外部逐渐向内渗透，微波灭菌时是物体自身生热，使物品内部至外部温度基本一致，当物品进入微波电磁场即可产生热，由于灭菌时间短，可很好的保持其有效成分，提高瓶装食品质量。
2、 灭菌温度低：大量的实践表明，常规加热方法杀菌：温度为121℃，而微波杀菌温度为70—105℃，时间几分钟到十几分钟，即微波杀菌时间比常规短，温度也比常规杀菌低。因此，微波灭菌对瓶装食品的有效成份能更多保留。
3、 微波设备投资少，占地面积小、操作简便、劳动强度低，无环境污染，一般生产厂家均可使用。
4、 微波灭菌效率高、成本低、经济效益高。
5、 瓶装食品为玻璃瓶。