微波杀青段是利用微波可在短短十几秒内把物料迅速提温到80度以上的特点，将菊花的温度迅速提高使其自身的水分部分蒸发成水蒸气，在微波杀青设备箱体内形成密闭的水蒸气蒸煮环境对菊花进行杀青，杀青后再通过传动装置对菊花进行低温慢速烘干出料后快速冷却回潮。用工业微波烘干设备杀青处理，不但速度快、效率高而且有效保留了菊花原有的药用及营养成份，杀青出来的菊花更接近原始色泽，在杀青阶段对菊花的蒸煮处理中已烘出了内部一些水份这也为后续的烘干环节提高了效率。
后续的烘干设备阶段迅速完成烘干，直接产出产成品。因此经微波烘干设备加工出来的菊花含菌量完全符合药品，食品标准要求。此设备也可以一机多用，