1、时间短、速度快
常规的热力杀菌是通过热传导，对流或者辐射等方式将热量从食品表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长的时间。微波杀菌也是微波能与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到了快速升温杀菌目的，处理的时间大大缩短，各种物料杀菌作用一般在3-5分钟。
2、低温杀菌保持营养成分与传统风味
微波杀菌也是通过特殊热和非热的效应杀菌，与常规的热力杀菌比较，能在比较低温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。一般的杀菌温度在75-80摄氏度，就能达到效果，此外微波处理食品能保留更多营养成分和色、香、味、形等风味，具有膨化效果。如常规热力处理的蔬菜保留维生素C是46％-50％，而微波处理是60％-90％；常规加热猪肝维生素A保持率为58％，而微波加热为84％。