我们熟悉的包装食品杀菌目前使用最多的物理方法，不用化学杀菌剂的原因是怕残留有害物质。物理方法杀菌还可能不彻底，化学方法在用量上控制比较严，在使用过程中容易导致食品菌落超标。采用袋装食品杀菌设备，利用电磁场效应和生物效应起到对微生物的杀灭作用。实践证明采用微波装置在杀菌温度、杀菌时间、产品品质保持、产品保质期及节能方面都有明显的优势。
在食品、饮料、制药等行业中，要求对一些包装完毕的产品进行喷淋或水浴灭菌。被包装好的产品放在可调速的不锈钢网带上，在传送带的作用下按序进入灭菌箱体内，经过“高温水为介质”杀菌后，再由传送带带入冷却箱体内均匀冷却，从而达到产品标准的杀菌要求。
与常规杀菌方法相比，袋装微波杀菌设备不需要锅炉、管道系统、煤场和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可，对厂房没有特殊要求，投资少、见效快。