常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至内部。存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间，往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、效果优良。
应用范围很广，可对糕点、肉制品、果脯、豆制品、熟食、调味品、米粉、麦片、豆奶粉、卤菜、牛肉干、方便面、保健茶、土豆片、鱼片干、盐水鸭、海产品等杀菌处理。由于在杀菌过程中伴随有烘干的作用，所以也用来当做食品烘干杀菌设备，也适用于对面包、干果、茶叶、制品的脱水、干燥、杀菌防霉处理。按应用范围可分为用于粉料食品杀菌的粉状食品杀菌设备，用于包装熟食品杀菌的微波熟食杀菌机以及用于其它真空包装产品杀菌的各种真空包装食品杀菌设备。