企业初次申办物理污染防治设计乙级资质时，可能会遇到以下难点：
技术人员配置难题：找到并聘请到符合资质标准要求的专业技术人员，尤其是注册工程师和具有特定项目经验的高级工程师，可能比较困难。市场上这类人才竞争激烈，成本也可能较高。
资质标准理解不透彻：资质申请的标准和要求可能随着政策调整而变化，企业可能难以完全准确地把握的资质要求，导致申请材料准备不足或不符合规范。
申请材料准备繁琐：准备申请材料是一个细致且耗时的过程，需要收集和整理大量的企业信息、技术人员的资质证明、过往项目案例等，任何细节的遗漏或错误都可能导致申请受阻。
审批流程复杂：资质审批流程可能涉及多个环节，包括初审、专家评审、现场核查等，每一步都需要按照规定程序进行，对于没有经验的企业来说，容易感到迷茫或不知所措。
时间周期较长：从准备材料到最终获得资质，整个过程可能需要数月时间，期间需要耐心等待并随时准备应对可能的补充材料要求。
财务投入较大：除了人员成本外，申请过程中可能还需要支付一些必要的费用，如资质代办费、专家评审费等，这对于初创或小型企业来说是一笔不小的开支。
企业内部管理挑战：建立和完善符合资质要求的管理体系，如质量控制体系、项目管理体系等，对于新企业而言可能是一项挑战，需要投入时间和资源进行体系构建和人员培训。
持续性要求理解：除了初次申请，企业还需了解并准备满足资质维持的后续要求，包括人员继续教育、业绩更新、资质复审等，这对长期规划能力提出要求。