企业遗失水污染防治乙级资质证书时，补办流程通常涉及以下几个步骤：
准备补办报告：企业应首先准备一份资质补办报告，详细说明证书遗失或损坏的原因、时间及具体情况。
填写申请表格：填写《建设工程企业资质证书变更审核表》，并准备相应的电子文档版本。
刊登遗失声明：在省级以上（含省级）的全国性建筑行业报刊或综合类报刊上刊登遗失作废的声明。部分地区可能接受在建设信息网上发布声明的方式。
准备相关材料：除了上述报告和声明外，还需要准备企业法人营业执照副本复印件、法定代表人身份证明等基础企业信息材料。如果是损坏补办，可能还需要提交损坏的原证书。
提交申请：携带所有准备好的材料到企业工商注册所在地的省级建设行政主管部门提交补办申请。部分流程可能支持线上提交。
审核与补发：相关部门会对提交的材料进行审核，审核通过后，会为企业补发新的水污染防治乙级资质证书。
跟踪进度：提交申请后，企业应主动跟踪补办进度，必要时与审批机关沟通，以便及时获得新的资质证书。
请注意，具体流程可能会随政策调整和地方要求有所不同，因此建议在补办前，先咨询当地建设行政主管部门获取的补办指南和要求。