当公司申报出现异常时，可以按照以下步骤进行处理，以确保问题得到妥善解决：
一、查明异常原因
查看税务部门的通知：首先，公司需要仔细查看税务部门发出的关于申报异常的通知，了解异常的具体原因。
自查财务报表和税务申报记录：通过对比财务报表和税务申报记录，公司可以初步判断异常是否与申报数据有关。
二、准备相关材料
根据异常原因准备证明材料：例如，如果异常是由于未按时申报导致的，需要准备未申报期间的财务报表、纳税申报表等材料；如果是由于税款缴纳不足，则需要提供补缴税款的计算依据和资金来源证明等。
整理并核对材料：确保所有材料的真实性和完整性，避免因材料不齐全或错误而耽误处理进度。
三、向税务部门提交申请
编写申请报告：在申请中详细说明异常原因、整改措施以及今后避免类似情况发生的承诺等。
提交相关材料：将准备好的申请报告和证明材料提交给主管税务机关。
四、税务部门审核
审核材料：税务部门在收到企业的申请后，会进行审核，包括检查企业提供的材料是否齐全、异常原因是否真实合理、整改措施是否有效等。
审核时间：审核时间可能因各地税务部门的工作效率和具体情况而有所不同，企业需要耐心等待。
五、解除税务异常
收到解除通知：如果企业的申请通过税务部门的审核，税务部门会出具相关文书，正式解除企业的税务异常。
恢复正常申报：企业此后应按照税收法律法规的规定正常进行税务申报和税款缴纳。
在处理公司申报异常的过程中，企业需要注意以下几点：
保持与税务部门的沟通：及时了解税务部门的处理进展和要求，确保处理过程顺利进行。
遵守税收法律法规：企业在处理异常时，应遵守税收法律法规的相关规定，避免因违反规定而加重处罚。
加强内部管理：针对异常原因，企业应加强内部管理，完善相关制度和流程，避免类似问题再次发生。