主要用途
1.食品工业
在食品工业中，现正从海藻糖具有的非还原性、保湿性、抗冻结性和耐干燥性、优质甜味、能量来源等功能与特性考虑，进行多种用途的开发研究。海藻糖产品可以应用到各种各样的食品和调味料等中，从而可以大大改善食品的质量并增加食品的花色品种，促进食品工业的进一步发展。
海藻糖的功能特性及在食品中的应用：
（1）防止淀粉老化（2）防止蛋白质变性（3）抑制脂质氧化变质（4）矫味作用（5）保持蔬菜、肉类的组织稳定和保鲜作用（6）持久稳定的能量来源。
2.医药工业
海藻糖在医药工业可用作试剂药和诊断药的稳定剂。目前，正从海藻糖具有的非还原性、稳定性、对生物大分子的保护作用及提供能源等功能和特性出发，探讨多方面应用。用海藻糖干燥抗体如疫苗、血球蛋白、病毒等生物活性物质，无需冷冻，待复水后均能恢复活力。海藻糖代替血浆作为生物制品和稳定剂，不仅能常温保存，还可防止污染，从而保证生物制品的保存、运输和安全性。
3.化妆品
由于海藻糖具有极强的保湿作用及防晒、防紫外线等多方面的生理功效，可以作为保湿剂、保护剂等添加到 乳液、面膜、精华素、洗面奶中，还可作为唇膏、口腔清洁剂、口腔芳香剂等的甜味剂、品质改良剂。无水海藻糖还可以用于化妆品中作为磷脂以及酶的脱水剂，其脂肪酸衍生物还是优良的表面活性剂。
4.农作物育种
用生物技术将海藻糖合酶基因导入作物并使其在作物体内表达，构建生产海藻糖的转基因植物，培育抗冻、抗旱转基因植物新品种，提高农作物的抗寒、抗旱能力，而且可使其在收获加工后显得新鲜，且能保持原有的风味和质地。
海藻糖也可用于种子保存等，在使用海藻糖之后，可以有效地保持种子、种苗的根茎中的水分子，有利于农作物播种，成活率高，同时保护了作物因寒冷而冻伤，这对降低生产成本，特别是北方寒冷干燥的气候对农业的影响，具有重要意义。