芽孢杆菌污染是现代乳制品生产加工过程中的污染之一。原料乳、消毒奶、炼乳、奶粉中，均不同程度的耐热需氧和厌氧芽孢杆菌污染，如果这些耐热菌在奶制品中达到一定浓度，必然引起奶制品变质，它们会导致乳与乳制品品质下降、风味改变、保质期缩短及加工过程异常等，甚至危害人体健康。
对耐热芽孢菌的控制
1 前处理的控制
奶牛的粪便、饲料、水和土壤都可能因为含有耐热菌而污染原料奶。有针对性地采取控制措施，可以大幅度降低耐热菌对乳制品造成的危害。牛舍环境不卫生，牛体粘附大量脏物，包括土壤、粪便、垫草及灰尘等，是嗜热菌主要污染源之一。空气中飘浮的灰尘中有各种微生物，其中也包括嗜热菌，既能污染牛体又能污染没有保管好的生奶和容器具。挤奶的过程中，头三把奶中的芽孢杆菌数量很高，因此在挤奶前应彻底清洗奶牛乳房，弃去头三把奶。生产花色乳制品使用的多种辅料会含有较多的芽孢杆菌，因此要加强对辅料质量的控制。
2 生产过程的控制
车间空气中也可能含有蜡样芽孢杆菌，因此要加强对车间环境的控制。原则上，在一切食品生产加工经营的场所都可以安装紫外杀菌灯进行空气消毒杀菌，还可以采用臭氧杀菌。生产过程中的机械管道等也是耐热芽孢菌的污染渠道，因此要增加设备清洗的频率和强度，消除隐患。原料奶在使用之前可以经过短时间的高温加热，让其营养体生长后，再进行二次灭菌将牛乳中的耐热芽孢菌的营养体杀灭，从而达到杀灭耐热芽孢菌的目的。如果牛乳经过短时间的高温加热后不马上使用，必须要迅速冷却并0~4℃冷藏，避免耐热芽孢菌的营养细胞过度生长而影响牛乳的质量。
在生产过程中，可以适当地使用抑菌剂来控制芽孢杆菌的滋生和繁殖，诺福食品级消毒剂可以对车间环境、设备和工器具等各环节进行消毒，杀灭高抗性微生物、解决顽固性微生物污染等问题，具备长效抑菌效果。
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