生产有机肥一般要经过堆肥发酵过程。堆肥是在一定条件下，通过微生物的作用，使有机物不断降解、稳定，从而产生适合于土地利用的产物的过程。
堆肥这一古老而又简单的处理有机废物和制造肥料的方法，随着研究的深入和方法的改进，越来越受到各国的重视，因为它具有良好的生态意义，而且还能为农业生产带来效益。研究表明，腐蚀性堆肥对种子苗床的生长具有明显的控制土传病害的作用。而堆肥过程的高温阶段之后接踵而至的拮抗菌，可以使堆肥菌数达到很高的水平；堆肥过程中各种有机物在微生物的作用下，达到不易分解、不变，作物易吸收的状态；同时微生物的作用可以在一定范围内降低重金属的毒性。因此，堆肥是一种简便易行的生产生物有机肥的有效方法，有利于发展生态农业。