检查中也发现部分机构存在如下问题：（一）管理体系运行不规范。检查发现部分生态环境监测机构存在质量体系运行流于形式，管理体系运行有效性较差的情况，个别机构的质量手册与程序文件中要求的内容与实际体系运行不一致，存在“两张皮”现象，导致管理体系不能有效运行。（二）信息变更不及时。检查发现部分生态环境监测机构注册地址与资质认定证书、营业执照的地址不一致，地址变更未进行及时备案；部分机构关键人员变更不及时；还有部分机构标准查新工作不到位，标准作废而不知，出现了重大标准变更工作缺失，仍使用作废标准出具检验报告等情况。（三）设备设施管理不规范。检查发现部分生态环境监测机构的设备管理不规范，不能满足机构正常运转要求。
一是部分设备管理不到位，缺少仪器设备的状态标识；二是部分检测设备未按期检定/校准，存在检定/校准超期的现象，检测设备校准后的结果未确认；三是部分机构存在标准物质管理使用不规范或缺失的问题；四是部分检检验仪器设备放置混乱，布局不合理，未进行有效管理。（四）原始记录和检验报告不规范。检查发现部分生态环境监测机构的原始记录信息不完整、不规范，存在划改、记录不全、检测人员未签字等情况；个别机构检验报告及原始记录无法溯源，报告存在与原始记录无性编号、无相关检验设备信息，甚至有的机构关键检验记录填表人、校核人、签发人均为机打代替手签名。（五）检验行为不规范。检查发现部分生态环境监测机构未严格按照相关标准或者技术规范的规定，出具检验检测数据、结果，个别机构的检验报告结果判断依据错误或出具的检验检测数据、结果失实；个别机构擅自超出资质认定证书规定的检验检测能力范围出具数告。