复合碳源的主要作用包括促进生物降解、增强生物转化和供应能量。具体来说，复合碳源能够提供多样化的碳源，满足微生物的多种营养需求，从而促进有机物的降解过程。微生物通过产生酶来分解复合碳源中的多种有机物，将其转化为小分子物质，加速废水、废弃物等有机物的降解速度，提高处理效率
此外，复合碳源不仅被微生物降解利用，还能通过生物转化过程生成高附加值的产品，如生物塑料、生物燃料等，实现有机废弃物的资源化利用，减少对传统化石能源的依赖
最后，复合碳源中的有机物为微生物提供能量，支持其生长和代谢活动，维持自身生命活动并储存多余能量